El marcado es una parte muy importante de las actividades de investigación científica que la CIAT debe llevar a cabo de conformidad con la Convención de Antigua. Con este fin, se realizan periódicamente cruceros para la captura y posterior marcado de los atunes, siendo el más reciente efectuado en el marco de un proyecto de marcado que fue aprobado por la Comisión y está financiado por la Unión Europea.

Una fase esencial del marcado es la recuperación y procesamiento de las marcas. Se alienta fuertemente a todos a que envíen a la Comisión todas las marcas que fueron recuperadas, utilizando los volantes de recuperación de marcas, los cuales pueden ser descargados.